宿迁市疾病预防控制中心先后被授予全国医药卫生系统先进集体、全省疾病预防控制工作先进单位、省级文明单位、省爱国卫生先进单位、省抗震救灾先进集体、省工人先锋号、全省卫生系统先进基层党组织、省级巾帼示范岗、省级园林绿化先进单位、市级绿化达标单位、市级安全生产先进单位、市级精品城市建设先进集体等多项荣誉称号。 2007年、2008年、2011年分别获得市级科技进步二等、三等奖。
2020年11月，获得江苏省委、省政府授予““全省抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。
中心核定编制为80人，11个科室，分别为：办公室、财务科、地方病与寄生虫病防治科、计划免疫科、急性传染病防制科、慢性传染病防制科、卫生科、质量管理科、健康教育科、检验科、体检中心。本科以上学历38人，中级以上职称36人。